PROYECTO COVIDBENS: VARIANTES ENCONTRADAS

Desde abril de 2021 realizamos vigilancia epidemiológica de variantes de SARS-CoV-2 en las aguas residuales de EDAR Bens.

SEMANA  7 – 11 DE JUNIO DE 2021

Durante la semana del 7 al 11 de junio, el equipo secuenció el material genético de SARS-CoV-2 procedente de dos muestras de aguas residuales. Los datos se analizaron en busca de un total de 80 mutaciones de vigilancia recomendada por la ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control), directrices actualizadas el 3 de junio de 2021 (https://www.ecdc.europa.eu/en), de las cuales se encontraron 39 en las aguas residuales. La frecuencia de aparición de las 26 de estas mutaciones se puede observar en la siguiente figura, donde también se marcan las variantes correspondientes en diferentes colores.

Mutacións atopadas semana 7 - 11 de xuño

FIGURA. FRECUENCIA DE MUTACIONES DE SARS-COV-2 PRESENTES EN MUESTRAS DE AGUA RESIDUAL recogidas durante la semana del 7 al 11 de junio de 2021 DETECTADAS POR COVIDBENS. En el eje X se representan los códigos internacionales (ECDC) de las diferentes mutaciones encontradas. En el eje Y se hace referencia al porcentaje de aparición de las mutaciones en una región genética concreta encontrada en las aguas residuales; la frecuencia de las mutaciones no se corresponde con la frecuencia de las variantes encontradas (el equipo está trabajando para poder obtener la frecuencia de las variantes en la población). Los colores corresponden a las variantes de SARS-CoV-2 indicadas en la leyenda (el origen de estas variantes se indica en la tabla inferior).

Listado de las variantes encontradas por el equipo COVIDBENS en las muestras del 7 al 11 de junio, su origen y su clasificación según criterios de la European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) actualizados el 3 de junio de 2021 (https://www.ecdc.europa.eu/en). Se indica si hay evidencias del efecto de las mutaciones sobre la capacidad de transmisión del virus (transmisibilidad), sobre la gravedad de la enfermedad que causa, y sobre el escape a la respuesta inmunitaria adquirida tras la infección natural o generada por algunas vacunas.

Táboa variantes semana 7-11 xuño

CONCLUSIONES

En conclusión, los resultados en las aguas residuales de la semana del 7 al 11 de junio de 2021 muestran la predominancia de la variante  B.1.1.7 (ALPHA: británica), seguida de las variantes B.1.177 (española), B. 1.621 (colombiana) y probablemente de la B. 1.617.2 (DELTA: india) en frecuencias bajas, y las variantes B.1.616 (bretona), B.1.617.1 (KAPPA, India) y B.1.351 (BETA, sudafricana) en frecuencia muy baja. Se mantendrá la vigilancia de estas 7 variantes.

Los procesos característicos de la secuenciación de SARS-CoV-2 en aguas residuales podrían afectar a las frecuencias de aparición de mutaciones. Además, las asociaciones de mutaciones a variantes están basadas en los genomas depositados en GISAID en cada momento. Este método no está libre de los sesgos de publicación de GISAID, que no contiene la totalidad de los genomas y variantes existentes en la población a tiempo real, lo que podría afectar a las conclusiones del presente estudio.
Variantes semana anterior (31 mayo – 4 junio)

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