PROYECTO COVIDBENS: VARIANTES ENCONTRADAS

Desde abril de 2021 realizamos vigilancia epidemiológica de variantes de SARS-CoV-2 en las aguas residuales de EDAR Bens.

SEMANA 7 – 11  DE MARZO DE 2022

Durante los días del 7 al 11 de marzo de 2022, el equipo recogió y procesó muestras de aguas residuales. El material genético de esas muestras fue extraído y secuenciado posteriormente. Los datos se analizaron en busca de las mutaciones de vigilancia recomendada por la ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control), directrices actualizadas el 11 de marzo de 2022 (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

El equipo de COVIDBENS diseñó un modelo estadístico que permite determinar la frecuencia de las variantes en la población a partir de los datos de las aguas residuales. Los resultados obtenidos mediante dicho método se pueden ver en la siguiente figura y tabla.

En la siguiente figura se muestra la evolución en el porcentaje de las variantes encontradas en las muestras de aguas residuales desde mediados de mayo de 2021 hasta la actualidad. Se puede apreciar la irrupción de la variante ÓMICRON (B.1.1.529) en la comarca de A Coruña.

Evolución da porcentaxe de variantes desde mediados de maio ata a semana do 7 ao 11 de marzo de 2022

FIGURA. PORCENTAJE DE LAS VARIANTES DE SARS-CoV-2 ENCONTRADAS EN LAS MUESTRAS DE AGUA RESIDUAL DEL ÁREA METROPOLITANA DE A CORUÑA (PROCEDENTES DE 400.000 HABITANTES) DESDE MEDIADOS DEL MES DE MAYO HASTA LA ACTUALIDAD. En el eje X se indica la fecha de recogida de las muestras y en el eje Y el porcentaje de las variantes de SARS-CoV-2 en dichas muestras de agua residual. Cada variante se representa por un color diferente.

Listado de las variantes encontradas por el equipo COVIDBENS en las muestras del 7 al 11 de marzo de 2022, su origen y su clasificación según criterios de la European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) actualizados el 11 de marzo de 2022 (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern). Se indica si hay evidencias del efecto de las mutaciones sobre la capacidad de transmisión del virus (transmisibilidad), sobre la gravedad de la enfermedad que causa, y sobre el escape a la respuesta inmunitaria adquirida tras la infección natural o generada por algunas vacunas. En la frecuencia se indica el porcentaje de cada variante en la población.

Táboa variantes semana do 7 ao 11 de marzo de 2022

CONCLUSIONES

En conclusión, los resultados en las aguas residuales de los días del 7 al 11 de marzo de 2022 muestran que la variante B.1.1.529 (ÓMICRON; Sudáfrica y Botsuana) se encuentra al 99 % y la variante B.1.617.2 (DELTA; India) se encuentra al 1 % en el conjunto de los cinco ayuntamientos que vierten aguas a Bens.

Los procesos característicos de la secuenciación de SARS-CoV-2 en aguas residuales podrían afectar a las frecuencias de aparición de mutaciones. Además, las asociaciones de mutaciones a variantes están basadas en los genomas depositados en GISAID en cada momento. Este método no está libre de los sesgos de publicación de GISAID, que no contiene la totalidad de los genomas y variantes existentes en la población a tiempo real, lo que podría afectar a las conclusiones del presente estudio.

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